1、两者本质不同；2、两者工艺特性不同。两者本质不同：去离子水是指除去了呈离子形式杂质后的纯水，应用离子交换树脂去除水中的阴离子和阳离子，但水中仍然存在可溶性的有机物。可以污染离子交换柱从而降低其功效，去离子水存放后也容易引起细菌的繁殖。蒸馏水是指经过蒸馏、冷凝操作的水，蒸二次的叫重蒸水，三次的叫三蒸水。低耗氧量的水，加入高锰酸钾与酸工业蒸馏水是采用蒸馏水方法取得。同时，常饮蒸馏水就等于放弃了从水中获得人体所需的微量元素的5%的来源。