1、在李自成的农民军包围北京城之后，由于士兵紧缺，锦衣卫也被用于守城，在双方厮杀的过程中，一部分锦衣卫战死。但是在北京城破以后，那些锦衣卫的们选择了投降，普通的锦衣卫自然是树倒猢狲散。2、在李自成占领北京城期间，向明朝遗臣们进行了所谓的追脏行动。在这场追赃行动中，身为特务组织的锦衣卫当然无法幸免，锦衣卫的一大半死于这场追赃行动，剩余的也勉强苟活。