海底两万里鱼叉王的困惑的主要内容讲的是博物学家阿罗纳克斯教授和仆人孔塞伊，受邀参加捕捉“海怪”的行动。两人不幸落水，和捕鲸手尼德·兰德成了“海怪”的俘虏。三人乘坐“鹦鹉螺号”，随着尼摩艇长，十个月里游遍七大洲四大洋，饱览了变幻无穷的海底奇景和形形色色的海洋生物。他们漫步海底森林，穿越海底隧道，探秘失落古城亚特兰蒂斯，欣赏无价大珍珠，勇斗大鲨鱼，发现南极，期间遭遇了触礁、土著围攻、冰原拦路、被困海底、章鱼袭击等九九八十一难，终于逃离潜水艇。尼摩艇长与“鹦鹉螺号”却下落不明的故事。