生殖器疱疹首先是在生殖器的局部皮肤上出现密集的小水疱，这些水疱逐渐地融合并破裂，内容物溢出，然后局部干枯结痂，逐渐痊愈。最初患过生殖器疱疹的男性讨能会沾沾自喜，因为不经过系统治疗，甚至不治疗者仍然可以在1周左右“痊愈”。但是随后的反复发作，让这些人坐立不安、焦急万分，而且这种复发可以不定期地出现，有难以“断根”的趋势。这主要是由于该病毒可以在人体的神经结内隐藏，避开机体免疫功能对它的排斥作用。目前的医学还没有太有效的办法来对付病毒感染，那些“根治”、“包治”疱疹的广告多是欺骗性宣传。但在一般情况下，生殖器疱疹并不会给人带来太大的麻烦，它不痛不痒，并发症和后遗症也很少，而且只有在水疱破溃的时候才具有一定的传染性（此时需要回避性生活）。