马尾连能去皮里膜外及筋络之邪热，起到清热燥湿的作用，可用于湿热泻痢、黄疸、小儿伤风及痘科。其叶、花还能治关节炎。马尾连配以吴茱萸，可治因湿热引起的呕吐之症。泻火解毒；马尾连能泻火解毒，可用于治疗目赤肿痛、感冒发热、疮疡肿毒、癌肿等症。治疮疡肿毒可鲜品捣敷或煎水洗，或干品研末撒；或制成软膏敷。治渗出性皮炎；马尾黄连适量，焙干研末，撒患处。对渗出性皮炎有治疗效果。治脚癣；马尾配以黄连、黄柏、新鲜猪胆汁及冰片，可以用于治疗脚癣。