胃内胃蛋白酶元（Pepsinogen）必须先被胃酸活化，转变成胃蛋白酶（Pepsin）及副胃蛋白酶（Parapepsin）。胃蛋白酶元最适当的致活pH值约是2.0，在如此高的酸浓度下，胃蛋白酶才会被致活，再将蛋白质消化分解。另外在肠道胰液消化蛋白质系统中的羧肽酶原（procarboxypeptidase）要转化成能消化蛋白质的羧肽酶（carboxypeptidase），亦要胃蛋白酶（Pepsin）来激活。所以，如果胃酸分泌不足时，胃蛋白酶无法产生，除影响胃中蛋白质的消化外，也将影响到肠道中蛋白质的进一步被消化及氨基酸的吸收利用。