发酵工程的发展可以追溯到古代的食品和饮料制作过程中，但现代发酵工程的发展起源于19世纪的啤酒生产和乳制品加工过程中的技术改进。20世纪初，发酵工程成为一个的科学领域，开始应用于制药、食品、燃料和化学工业等领域。20世纪40年代，发酵工程的重要性得到了进一步扩展，新的生产技术开始被引入，例如深层发酵、过滤和分离技术、微生物培养技术、生物反应器技术等。到了20世纪70年代，随着生物技术的发展，发酵工程得到了进一步推进。现代发酵工程涵盖了微生物分类学、细胞生物学、分子生物学、生物化学、工程学等多个学科，研究内容涉及微生物的生长、代谢、、产物分离和纯化等方面。