药物流产会引起感染；妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫膜复旧欠佳，阴道出血时间较长。可持续2~3周，甚至1~2个月，长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症。药物流产会导致不完全流产。有的妇女用药后因不完全流产，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，超过平时月经量的2~3倍。严重者还可出现大出血，导致贫血，休克，此时需输血并紧急手术刮宫止血等。药物流产会影响以后的正常妊娠。未婚妇女如反复妊娠，反复流产，可造成子宫内膜反复受损。由于子宫内膜有损伤，一旦她们需要正常妊娠，易发生前置胎盘，可引起产前大出血，也有些妇女由于多次药流或人工流产而出现习惯性流产。药物流产会导致女性月经失调。