1、使用场所不同：水性笔一般用于各种场合的书写文字，而中性笔大多用于考试以及文件专用。2、笔头不同：水性笔的笔头大多为圆头，而中性笔的笔头主要分为子弹头性、全针管、半针管三种笔头。3、油墨不同：水性笔使用油墨为纯水性，中性笔采用的油墨为颜料型。水性笔，是以圆珠型笔尖和免再吸墨水笔芯为主要特征的，因其便捷、洁净和书写流利的特点，经过十多年的发展，已经风行大小机关单位、公司企业和大中专院校。水性笔的主要溶剂是水，常见的水性笔有笔、签字笔、塑料、毛笔和萤光笔，水性笔较油性笔无味，笔尖不易干燥，其笔迹耐光但不耐水，遇到水会渲染开来，不慎摔过就很容易断水。