生蚝的外壳是不可以吃的。生蚝外壳的主要成分是蛋白质和几丁质，结构和生蚝肉不同，因此质地十分坚硬，是不能消化吸收的部分；并且生蚝壳外部有大量的藻类和细菌，食用影响身体健康，一些散落在生蚝肉中细小的碎壳也是不能吃的，要挑出来。
另外，生蚝内部有绿色或者黑色的内脏团，最好也不要吃。
生蚝虽然整个都可以食用，但是生蚝内部还是有个肠腺团的，主要是生蚝的内脏和肠腺，里面有一些生蚝吃的海藻等残留，因此生蚝的内脏团可以不必食用。
