税务机关对企业纳税人纳税信用状况进行评价的方式包括

纳税信用评价采取年度评价指标得分和直接判级两种方式。

纳税信用评价采取年度评价指标得分和直接判级两种方式。年度评价指标得分采取扣分方式。纳税人评价年度内经常性指标和非经常性指标信息齐全的，从100分起评；非经常性指标缺失的，从90分起评，直接判级适用于有严重失信行为的纳税人。

税务部门依据主观态度、遵从能力、实际结果和失信程度4个维度、近100项评价指标，对企业纳税人信用状况进行评价。评价结果由高到低分为A、B、M、C、D五级：

综上，税务机关对企业纳税人纳税信用状况进行评价的方式包括年度评价指标得分和直接判级两种方式。

【法律依据】：
《税务登记管理办法》_第一条_为了规范税务登记管理，加强税源监控，根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）以及《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》（以下简称《实施细则》）的规定，制定本办法。