重疾险拒赔先天性脑干出血，是否违反保险合同？

法律分析：保险公司拒赔先天性疾病是否合法，需看保险合同约定及法律规定。若保险合同中未明确排除先天性疾病，且未违反相关法律规定，保险公司拒赔可能违反保险合同。

法律依据：

1.《保险法》第十六条规定，保险公司应当依据保险合同的约定承担保险责任。

2.《保险法》第十七条规定，保险合同应当以诚实、信用为基础，遵循公平原则。

3.《保险法》第三十五条规定，保险人不得以未明确约定的条款为由拒绝承担保险责任。

4.《保险法》第八十六条规定，保险人违反约定不履行保险合同义务，应当承担违约责任。

5.最高法《关于审理人身保险合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条规定，保险合同约定的除外责任条款应当明确、准确，并且不违反法律、法规的规定。

综上，若保险合同中未明确排除先天性疾病责任，且保险公司拒赔先天性脑干出血没有违反相关法律规定，则保险公司拒赔属于合法行为。反之，则可能违反保险合同及相关法律规定。