哪个机构负责申请办理生猪屠宰证

律师分析：

1、国务院商品流通行政主管部门负责全国的生猪屠宰证、章、标志牌的管理工作。负责统一规定证、章、标志牌格式，制作《生猪屠宰执法监督检查证》。2、省级人民政府商品流通行政主管部门负责本行政区域内的证、章、标志牌的管理工作。负责按照国务院流通行政主管部门统一规定的格式，制作《屠宰技术人员资格证书》、《肉品检验人员资格证书》，负责定点屠宰厂（场）标志牌的统一编号，负责发放《生猪屠宰执法监督检查证》、《肉品检验人员资格证书》。3、市、县人民政府商品流通行政主管部门负责本行政区域内的生猪屠宰证、章、标志牌的管理工作。负责制作并发放肉品检验合格验讫印章、无害化处理印章，定点屠宰标志牌；负责发放《屠宰技术人员资格证书》。

【法律依据】：《生猪屠宰证、章、标志牌管理办法》

第三条 国务院商品流通行政主管部门负责全国的生猪屠宰证、章、标志牌的管理工作。负责统一规定证、章、标志牌格式，制作《生猪屠宰执法监督检查证》。

第四条 省级人民政府商品流通行政主管部门负责本行政区域内的证、章、标志牌的管理工作。负责按照国务院流通行政主管部门统一规定的格式，制作《屠宰技术人员资格证书》、《肉品检验人员资格证书》，负责定点屠宰厂（场）标志牌的统一编号，负责发放《生猪屠宰执法监督检查证》、《肉品检验人员资格证书》。

第五条 市、县人民政府商品流通行政主管部门负责本行政区域内的生猪屠宰证、章、标志牌的管理工作。负责制作并发放肉品检验合格验讫印章、无害化处理印章，定点屠宰标志牌；负责发放《屠宰技术人员资格证书》。