我患有血糖异常，但是保险公司认为是普通疾病，只赔偿了部分费用，该怎么办？

法律分析：保险公司的认定需要符合保险合同约定，若存在争议，应通过法律途径解决。

法律依据：

1.《保险法》第十九条：保险合同约定应当符合法律法规和国家有关规定，不得违反公序良俗。

2.《保险合同法》第十五条：保险人应当按照约定承担保险责任。被保险人违反保险合同约定，致使保险事故发生或者保险事故损失增加的，保险人可以根据实际情况减轻或者免除赔偿责任。

3.《合同法》第一百零一条：当事人一方违反合同，给对方造成损失的，应当赔偿损失。

针对该情况，被保险人可以通过保险公司提出异议，若无法达成一致，可以通过法律途径解决。根据保险合同及相关法律规定，保险公司应当承担对应的赔偿责任。