工程建设程序违法怎么办

法律分析：工程建设程序违法首先应该查明事实；再进行处理和处罚；根据处理或处罚决定进行处置，并补办手续；签定安置补偿协议；协商未能达协议的，申请行政裁决；若不履行安置补偿协议或者安置补偿裁决的，由人民法院强制执行。若没有取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。

法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》

第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。