对人民法院委托的鉴定机构鉴定不服的处理办法有:
1、对法院委托的司法鉴定不服可以申请重新鉴定,向司法行政机关投诉反映,主动搜集其他证据推翻鉴定结论,使得鉴定结论不能作为定案证据。
2、不服司法鉴定意见的,可以申请补充鉴定。当事人也可以要求鉴定人员出庭进行质询。
通常情况下,当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定,提出证据证明存在下列情形之一的,人民法院应予准许:
1、鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的;
2、鉴定程序严重违法的;
3、鉴定结论明显依据不足的;
4、经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
对有缺陷的鉴定结论,可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的,不予重新鉴定。
【本文所涉及的法律依据】::
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》
第四十条 
当事人申请重新鉴定,存在下列情形之一的,人民法院应当准许:
(一)鉴定人不具备相应资格的;
(二)鉴定程序严重违法的;
(三)鉴定意见明显依据不足的;
(四)鉴定意见不能作为证据使用的其他情形。
存在前款第一项至第三项情形的,鉴定人已经收取的鉴定费用应当退还。拒不退还的,依照本规定第八十一条第二款的规定处理。
对鉴定意见的瑕疵,可以通过补正、补充鉴定或者补充质证、重新质证等方法解决的,人民法院不予准许重新鉴定的申请。
重新鉴定的,原鉴定意见不得作为认定案件事实的根据。
第四十一条 
对于一方当事人就专门性问题自行委托有关机构或者人员出具的意见,另一方当事人有证据或者理由足以反驳并申请鉴定的,人民法院应予准许。