磷虾油和虾青素在来源、成分、作用和安全性方面有所区别。具体如下：
1、来源不同。磷虾油主要从南极磷虾中提取，这些磷虾以藻类为食，因此提取出的磷虾油中含有少量虾青素；虾青素主要从雨生红球藻中提取，这种藻类是淡水植物，不含致敏蛋白，不会致敏。
2、成分不同。磷虾油含有磷脂、Omega-3脂肪酸和少量虾青素，一粒磷虾油中含虾青素只有6到30mcg，几乎可以忽略不计，主要功效成分为EPA和DHA；虾青素胶囊的主要核心成分是虾青素，成分单一，纯度高。
3、作用不同。磷虾油的主要作用是降低血脂、促进心血管健康；虾青素作为一种纯天然抗氧化剂，主要功能是抗氧化和抗无菌性炎症，能清除自由基，提高人体抗衰老能力。
4、安全性不同。磷虾油来源于海洋中的磷虾，含有一定的致敏原；虾青素的来源是雨生红球藻，服用淡水培育的雨生红球藻萃取的虾青素没有这方面的禁忌，安全性也更好。
