确认行政行为违法后怎么处理？

法律分析：行政行为被确认为违法，人民法院可以责令被诉行政机关采取相应的补救措施；如果因为这一违法行为造成当事人的损失的，行政机关应当承担赔偿责任。房屋初始登记或上一手转移登记不合法，依法本应当撤销。但是第三人在没有过错的情况下，信任登记薄的记载而购买了该房屋，并办理了转移登记。此时，原房屋所有权因转移而消灭，行政诉讼原告所要求撤销的这一初始登记或上一手转移登记的内容在登记簿上已经没有记载，即已不具有可撤销的内容，撤销也变得没有意义。此时人民法院可以确认该房屋初始登记或上一手转移登记行为违法。行政行为被确认为违法，人民法院可以责令被诉行政机关采取相应的补救措施；如果因为这一违法行为造成当事人的损失的，行政机关应当承担赔偿责任。因此，在行政诉讼中，法院确认行政行为无效和确认违法虽然都属行政机关败诉，但两者有很大的区别。

法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》 第五十九条 判决撤销违法的被诉具体行政行为，将会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失的，人民法院在判决撤销的同时，可以分别采取以下方式处理：

(一)、判决被告重新作出具体行政行为;

(二)、责令被诉行政机关采取相应的补救措施;

(三)、向被告和有关机关提出;

(四)、发现违法犯罪行为的，建议有权机关依法处理。