员工能否自行选择医院进行治疗以及是否有针对工伤治疗的专业医院？

法律分析：根据《中华人民共和国劳动保障法》等相关法律规定，员工在工作中发生的工伤有权选择就医，并由雇主承担相应的治疗费用。但是，员工选择的医院需要符合相应的医疗机构的要求，而针对工伤治疗的专业医院也是存在的，但并不是所有的医院都能提供这样的服务。

法律依据：

1.《中华人民共和国劳动保障法》第四十九条：用人单位应当为从业人员购买工伤保险，并按照国家规定缴纳保险费。发生工伤事故的，用人单位应当立即组织抢救和送医院治疗。

2.《中华人民共和国社会保险法》第十九条：职工在工作时间和工作岗位上发生事故受伤或者患病，用人单位应当及时送其去医院治疗。职工有权选择就医单位，并有权选择指定的医疗机构或者医生就医。

3.《工伤保险条例》第十四条：职工在用人单位规定的工作场所、工作岗位和工作时间内，因工作原因受到伤害或者患病的，所需的医疗费用、康复费用和残疾赔偿金等由工伤保险基金支付。

4.《工伤保险费征收管理办法》第十一条：单位应当劝导用人单位配合职工的治疗、康复和调养，支持和参与工伤病人的康复和职业转换。

综上所述，员工在遭受工伤后有权自行选择就医，但所选医院需要符合相应的法律规定，同时也需要雇主的支持和配合。此外，针对工伤治疗的专业医院也存在，但并不是所有的医院都能提供这样的服务。