合法，应当由用人单位支付该部分费用。
《工伤保险条例》第十七条四款规定：“用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担”。
工伤职工遭受事故伤害，用人单位应当在规定的时间内申请工伤认定，没有在规定的认定时间内申请认定的，用人单位应当对违法行为承担后果。现用人单位违反法律规定，没有在规定的工伤认定时间提出工伤认定，社会保险机构不予支付该期间费用，符合法律规定，依法该期间费用由用人单位支付。
《工伤保险条例》
第十七条 职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。
用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。
