工程师证被单位扣下怎么办理？

法律分析：

第一，可以先去劳动仲裁局申请仲裁、调解。

第二，如果对仲裁或调解的结果不满意的话，那么可以向上一级人民上诉。

法律依据：

《中华人民共和国劳动仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法： （一）因确认劳动关系发生的争议； （二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议； （三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议； （四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议； （五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议； （六）法律、法规规定的其他劳动争议。