公司犯罪是否可以自行惩罚？

法律分析：公司犯罪行为应由司法机关进行惩处，公司不可自行惩罚。

法律依据：

1.《刑法》第一百六十四条规定：“单位犯罪，应当追究单位刑事责任。单位可以依照本法规定，承担罚金、没收财产等刑法律后果。”说明单位犯罪只能由司法机关依法判定罪名，并处罚金、没收财产等刑法律后果。

2.《劳动法》第四十九条规定：“用人单位违反国家规定，侵害职工合法权益的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；情节较重的，责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以处以罚款。”说明用人单位对职工侵害合法权益的行为，也只能由劳动行政部门进行处罚。

综上所述，公司犯罪行为应当由司法机关依法惩处，而公司本身不具备自行惩罚的权力。