增值税发票三联不齐全的情况下作废了如何处罚

增值税发票三联不齐全的情况下作废了会被罚款。
增值税专用发票作废的条件是：收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；销售方未抄税并且未记账；购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
作废增值税专用发票是在开票系统里作废，在发票填开窗口里有个发票作废一栏，单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票就在税务系统里作废了，这才叫真正的作废，就可以不用上税了。然后再对纸质发票作废，这就是次要的了，如果单位有作废章，盖作废章看起来正规点，如果单位没有作废章，就直接用笔写在发票上，然后将作废的三联发票保管好，留单位备查就行了。
作废发票必须是当月的发票，如果跨月的发票，是不可能作废的，只能采取开红字的方式冲掉该发票。
【法律依据】
《增值税专用发票使用规定》
第十三条 一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票各联次上注明“作废”字样，全联次留存。第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。