土地确权有异议向哪个部门提出申请？

法律分析：

(1)个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。

(2)设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：跨县级行政区域的；同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的。

(3)省、自治区、直辖市国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：跨设区的市、自治州行政区域的；争议一方为中央国家机关或者其直属单位，且涉及土地面积较大的；争议一方为军队，且涉及土地面积较大的;在本行政区域内有较大影响的；同级人民政府、国土资源部交办或者有关部门转送的。

(4)国土资源部调查处理下列争议案件：国务院交办的;在全国范围内有重大影响的。

法律依据：

《中华人民共和国土地管理法》 第十六条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。