建设工程施工合同纠纷案件由什么部门管辖

法律分析：建设工程施工合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。

根据2015年2月4日开始施行的最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释（法释〔2015〕5号）第二十八条第二款的规定：“农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。”

民事诉讼法第三十三条规定：“因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。”新民诉法解释第二十八条第三款在此基础上予以明确规定：“不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。”

另外，根据民事诉讼法规定，因不动产纠纷提起的诉讼适用专属管辖，当事人在约定管辖法院、提起管辖权异议的时候都不能违反级别管辖和专属管辖的有关规定。因此，建设工程施工合同纠纷当事人，只能约定由不动产所在地即建设工程所在地法院管辖案件，不能约定其他法院管辖。

法律依据：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条

民事诉讼法第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。

农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。

不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。