基金回购协议合同有效吗

基金回购协议不一定违法。如果基金回购协议是当事人依法订立的，不违反法律、行政法规的强制性规定的，就是合法的。公司也可以回购股份，但要依法转让或者及时注销。
【法律依据】
《中华人民共和国公司法》第一百四十二条
公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：
（一）减少公司注册资本；
（二）与持有本公司股份的其他公司合并；
（三）将股份用于员工持股计划或者股权激励；
（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份；
（五）将股份用于转换上市公司发行的可转换为股票的公司债券；
（六）上市公司为维护公司价值及股东权益所必需。
公司依照本条第一款规定收购本公司股份后，属于第（一）项情形的，应当自收购之日起十日内注销；属于第（二）项、第（四）项情形的，应当在六个月内转让或者注销；属于第（三）项、第（五）项、第（六）项情形的，公司合计持有的本公司股份数不得超过本公司已发行股份总额的百分之十，并应当在三年内转让或者注销。