发工资的时候已经扣税了,为什么还要补税

发工资的时候已经扣税了，还要补税的原因：
1、在两个以上单位任职受雇并领取工资薪金，预缴税款时重复扣除了基本减除费用；
2、除工资薪金外，纳税人还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费，各项综合所得的收入加总后，导致适用综合所得税率高于预扣预缴率；
3、预扣预缴时多扣除了不该扣除的项目或金额，年度合并计税时因调减扣除额导致应纳税所得额增加等；
4、纳税人取得综合所得，因扣缴义务人未依法申报收入并预扣预缴税款，需补充申报收入等；
5、纳税人年度中间更换工作单位，在预扣预缴时分别适用了较低税率，年度综合所得合并后，导致适用综合所得税率高于预扣预缴率；
6、有一些特殊情况造成应纳税款和已缴税款不一致。
补税的流程为：
1、需要准备好以下材料：补缴人的姓名、身份证号码、月工资金额、需要补缴的月份以及补缴人的地址和邮编。
2、然后填好申报报表，填好后交到税务局，由税务局开具通用缴款书，最后去银行缴纳税款，缴完后记得开具完税证明。
综上所述，若是你进行年度综合汇算之后，发现要补税，可以去看下专项扣除，比如有正在抚养的孩子、赡养的老人、还的房贷等等，填写之后可以减少扣税金额。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第
有下列情形之一的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整：
（一）个人与其关联方之间的业务往来不符合交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；
（二）居民个人控制的，或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家（地区）的企业，无合理经营需要，对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配；
（三）个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。
税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。