土地流转协议不合法怎么办理

法律分析：
区分不同情况进行确权登记颁证：
(1)农户以互换的方式流转承包地的。流转双方有书面流转协议(合同)，且无争议的，在办理有关承包合同变更手续后，依据变更后的合同确权登记颁证。未有书面协议(合同)的，由双方达成书面土地流转协议(合同)向村集体备案，并办理有关承包合同变更手续后，再依据变更后的合同确权登记颁证；互换有争议的，待争议解决后再进行确权登记颁证。
(2)农户以转让方式流转承包地的仅限于村集体经济组织内部。未经原承包方书面申请和发包方书面认可的，仍按原承包农户确权登记颁证。经原承包方书面申请和发包方书面认可，且无争议的，按照流转协议(合同)办理有关承包合同变更手续后，再依据变更后的合同确权登记颁证。
(3)以转包、出租、入股等方式流转承包地的，按原承包农户确权登记，禁止给受转经营者(受让方)颁发土地承包经营权证，其流转关系继续履行土地流转合同约定。对土地流转合同签订不完善的，相关部门要监督流转双方完善土地流转合同。

【法律依据】：
《农村土地承包经营权流转管理办法》
第三条 农村土地承包经营权流转不得改变承包土地的农业用途，流转期限不得超过承包期的剩余期限，不得损害利害关系人和农村集体经济组织的合法权益。
第十五条 承包方依法取得的农村土地承包经营权可以采取转包、出租、互换、转让或者其他符合有关法律和国家规定的方式流转。
第十六条 承包方依法采取转包、出租、入股方式将农村土地承包经营权部分或者全部流转的，承包方与发包方的承包关系不变，双方享有的权利和承担的义务不变。