如何确保公司在配合机关调查时不会被陷害？

法律分析：公司在配合机关调查时需要注意合法合规，避免被陷害。在配合调查时，公司应根据实际情况提供证据和资料，但同时也需要保护自身合法权益，避免被迫承认不实情况或被误导造成法律后果。此外，公司在配合调查时应遵守相关法律法规，不得阻碍或干扰调查工作，否则会面临相应的法律责任。

法律依据：

1.《刑事诉讼法》第八十六条：被调查人、证人、鉴定人、翻译人应当如实陈述情况，不得隐瞒、歪曲或者拒不回答；

2.《公司法》第四十三条：公司应当遵守法律、行规和章程，维护国家利益、社会公共利益和股东、债权人、职工等各方合法权益；

3.《中华人民共和国刑法》第三十：任何单位和个人不得向司法机关、执法部门提供虚言、证据或者其他不实情况，不得阻碍司法机关、执法部门执行职务。

因此，公司在配合机关调查时，应当根据法律规定积极配合，但同时也需要保护自身合法权益，避免被陷害，确保合法合规。