如果家族遗传疾病在购买重疾险时已经确诊，保险公司会如何处理？

法律分析：保险公司在承保时，通常需要投保人填写健康告知书，如投保人隐瞒或提供虚假信息，保险公司可以拒绝赔付。但若家族遗传疾病已确诊，属于已知情况，保险公司应按照合同约定赔付。

法律依据：

1.《保险法》第十三条：保险人承保前，应当向被保险人明确告知保险合同有关事项，被保险人就该事项提出询问的，保险人应当真实、详细回答。

2.《保险法》第二十六条：未填写或者填写不实的健康告知，被保险人有权解除合同；

3.《保险法》第五十六条：保险人应当按照保险合同的约定或者按照保险人与被保险人协商的方式，对被保险人发生的保险事故给付保险金。

4.《民法典》第一千零九十一条：合同中约定的条款不得违反法律、法规的规定，不得损害社会公共利益，不得排除当事人依法享有的权利，不得违背公序良俗。

以上法律依据表明，保险公司在承保时应进行真实、详细的告知，被保险人隐瞒或填写不实信息的情况下，保险公司可以拒绝赔付。但若家族遗传疾病已确诊，属于已知情况，保险公司应按照合同约定赔付。