设施农用地的备案机关为

设施农业用地由农村集体经济组织或者经营者在签订土地使用合同后向乡行政机关备案。
设施农业用地包括农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地。其中，作物种植设施用地包括作物生产和为生产服务的看护房、农资农机具存放场所等，以及与生产直接关联的烘干晾晒、分拣包装、保鲜存储等设施用地。各类设施农业用地规模由各省自然资源主管部门会同农业农村主管部门根据生产规模和建设标准合理确定。 一般来讲,用地协议签订后15个工作日内,经营者将用地协议、设施农业建设方案及项目用地边界、辅助设施、破坏耕作层、使用永久基本农田等地块拐点电子坐标向乡镇备案。
设施农业属于农业内部结构调整，可以使用一般耕地，不需落实占补平衡。种植设施不破坏耕地耕作层的，可以使用永久基本农田，不需补划；破坏耕地耕作层，但由于位置关系难以避让永久基本农田的，允许使用永久基本农田但必须补划。养殖设施原则上不得使用永久基本农田，涉及少量永久基本农田确实难以避让的，允许使用但必须补划。
设施农业用地不再使用的，必须恢复原用途。设施农业用地被非农建设占用的，应依法办理建设用地审批手续，原地类为耕地的，应落实占补平衡。
法律依据
《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》　四、市、县自然资源主管部门会同农业农村主管部门负责设施农业用地日常管理。国家、省级自然资源主管部门和农业农村主管部门负责通过各种技术手段进行设施农业用地监管。设施农业用地由农村集体经济组织或经营者向乡镇备案，乡镇定期汇总情况后汇交至县级自然资源主管部门。涉及补划永久基本农田的，须经县级自然资源主管部门同意后方可动工建设。