公司债务纠纷的起诉程序：先准备好起诉状和证据材料；然后依法向有管辖权的法院提起诉讼，由法院决定是否受理；如果法院决定受理的，再依法进行审理，由当事人陈述、质证；最后由法院作出判决。如果法院决定不予受理的，则作出不予受理的裁定。【法律依据】《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。第一百二十三条人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起