公司扣押离职员工工资不合法。双方在 解除或者终止劳动合同 时，用人单位应当一次性支付员工的工资，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民申请发出支付令。
《工资支付暂行规定》
第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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