存疑不起诉三年了还可以提起诉讼吗？

是可以的；存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民刑事诉讼规则》第405条规定，人民根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。

一、存疑不起诉能否申请国家赔偿

“存疑不起诉”也有叫“疑罪不诉”的，所谓存疑不起诉形似中止，实为终止(或称终结)的决定。因为依照《刑事诉讼法》和《人民刑事诉讼规则》的规定不起诉的决定应当公开宣布，不起诉决定则自宣布之日起生效，如果被不起诉人在押，应当立即释放。最高人民《人民刑事赔偿工作规定》第6条规定：人民对于请求赔偿的违法侵权情形，应当依法确认，未经确认有违法侵权情形的赔偿申请不应进入赔偿程序。第7条又规定：有下列法律文书或证明材料的赔偿申请，请求赔偿的违法侵犯人身权情形，以确认论，应当进入赔偿程序。其中第四项就是不起诉决定书。由此可以看出，起诉决定是对批捕的确认，不起诉决定则是对批捕的否定，从办理刑事赔偿案件的程序来讲，不起诉决定书就是对错捕的确认。

我国《国家赔偿法》关于刑事赔偿的原则是适用无罪羁押赔偿原则。检察机关对犯罪嫌疑人作出存疑不起诉决定，是因为认定犯罪嫌疑人犯罪的证据不足。退而言之，此类案件即使检察机关提起公诉，人民经过审理最终也必将以事实不清、证据不足而判决犯罪嫌疑人无罪。人民作出的无罪判决也是对检察机关错误批准逮捕犯罪嫌疑人的依法确认。因此，检察机关对无犯罪事实的人批准逮捕羁押，请求人有权获得国家赔偿的权利。

二、补充侦查没有新证据会要怎样办

证据不足不起诉。它是指对于经过补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的案件作出不起诉决定，终止刑事诉讼的活动。有的学者称之为“存疑不起诉”。这种理论概括虽然在一定程度上能表明该种不起诉的基本特征，但是，我认为，用“证据不足不起诉”概括更确切。这是因为，用“证据不足不起诉”更能直接了当地表明《刑事诉讼法》第140条第4款的规定。同时，存疑，有定罪方面的存疑，也有此罪与彼罪方面的存疑。对于定罪方面存疑的案件，可以起诉，也可以不起诉;而对于此罪与彼罪存疑的案件，则应当起诉。证据是指依照诉讼规则认定案件事实的依据。证据对于当事人进行诉讼活动，维护自己的合法权益，对查明案件事实，依法正确裁判都具有十分重要的意义。证据问题是诉讼的核心问题，在任何一起案件的审判过程中，都需要通过证据和证据形成的证据链再现还原事件的本来面目，依据充足的证据而作出的裁判才有可能是公正的裁判。证据应该是客观存在的，伪造或毁灭证据都是触犯违法行为，应受到法律的追究。

三、存疑不起诉能获得国家赔偿吗

“存疑不起诉”也有叫“疑罪不诉”的，所谓存疑不起诉形似中止，实为终止(或称终结)的决定。因为依照《刑事诉讼法》和《人民刑事诉讼规则》的规定不起诉的决定应当公开宣布，不起诉决定则自宣布之日起生效，如果被不起诉人在押，应当立即释放。最高人民《人民刑事赔偿工作规定》第6条规定：人民对于请求赔偿的违法侵权情形，应当依法确认，未经确认有违法侵权情形的赔偿申请不应进入赔偿程序。第7条又规定：有下列法律文书或证明材料的赔偿申请，请求赔偿的违法侵犯人身权情形，以确认论，应当进入赔偿程序。其中第四项就是不起诉决定书。由此可以看出，起诉决定是对批捕的确认，不起诉决定则是对批捕的否定，从办理刑事赔偿案件的程序来讲，不起诉决定书就是对错捕的确认。

我国《国家赔偿法》关于刑事赔偿的原则是适用无罪羁押赔偿原则。检察机关对犯罪嫌疑人作出存疑不起诉决定，是因为认定犯罪嫌疑人犯罪的证据不足。退而言之，此类案件即使检察机关提起公诉，人民经过审理最终也必将以事实不清、证据不足而判决犯罪嫌疑人无罪。人民作出的无罪判决也是对检察机关错误批准逮捕犯罪嫌疑人的依法确认。因此，检察机关对无犯罪事实的人批准逮捕羁押，请求人有权获得国家赔偿的权利。