特别行政区的设立及其制度由谁决定

特别行政区的设立及其制度由全国人民代表大会决定，具体如下：
1、中华人民共和国全国人民代表大会是最高国家权力机关。它的常设机关是全国人民代表大会常务委员会；
2、全国人民代表大会和全国人民代表大会常务委员会行使国家立法权；
3、全国人民代表大会由省、自治区、直辖市、特别行政区和选出的代表组成。各少数民族都应当有适当名额的代表。全国人民代表大会代表的选举由全国人民代表大会常务委员会主持。全国人民代表大会代表名额和代表产生办法由法律规定。

法律依据
《中华人民共和国》
第六十二条 全国人民代表大会行使下列职权：
（一）修改；
（二）监督的实施；
（三）制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律；
（四）选举中华人民共和国、副；
（五）根据中华人民共和国的提名，决定总理的人选；根据总理的提名，决定副总理、国务委员、各部、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；
（六）选举军事委员会；根据军事委员会的提名，决定军事委员会其他组成人员的人选；
（七）选举国家监察委员会主任；
（八）选举最高人民院长；
（九）选举最高人民检察长；
（十）审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告；
（十一）审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告；
（十二）改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定；
（十三）批准省、自治区和直辖市的建置；
（十四）决定特别行政区的设立及其制度；
（十五）决定战争和和平的问题；
（十六）应当由最高国家权力机关行使的其他职权。
第六十三条　全国人民代表大会有权罢免下列人员：
（一）中华人民共和国、副；
（二）总理、副总理、国务委员、各部、各委员会主任、审计长、秘书长；
（三）军事委员会和军事委员会其他组成人员；
（四）国家监察委员会主任；
（五）最高人民院长；
（六）最高人民检察长。