如何阅读高斯的计算输出文件

高斯输出文件的关键是看Link,每个Link对应不同的部分,以单点计算为例:单点计算的流程(见附件)

输入行在#后加入P,不然的话就只会显示Link 1和0,输出文件一般很长。对于单点计算，只有300多行。

第一部分：

基本运行信息

输入输出文件名，初始命令

进入Link 1，显示进程号

首先是版权说明,

然后是作者,利用guassian计算所发的文章，参考文献上必须列的

进入

Link 101

读入输入文件，

将控制命令转化为程序能够看得懂的IOP占位段的选项和应用设置

Leave Link  101

进入

Link 202：

判断体系对称性，并决定实际计算中对称性应该如何利用

判断体系点群

例如

Stoichiometry    CH2O

Framework group  C2V[C2(CO),SGV(H2)]

Deg. of freedom    3

Full point group                 C2V     NOp   4

Largest Abelian subgroup         C2V     NOp   4

Largest concise Abelian subgroup C2      NOp   2

再将输入的分子坐标转换为标准内坐标, 就是

Standard orientation:

这是程序默认，充分利用分子的对称性来达到方便计算的目的。就是将体系的质量中心放在坐标轴的主轴或者原点上。可以用nosym来禁止这个操作

Leave Link  202

进入

Link 301 产生基组信息

基组函数对称性

计算出核排斥能

Leave Link  301

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Link 302，303 ,这部分是计算积分的具体算法,一般不会列出详细过程,一句话带过

leave Link302,303

进入

Link 401 在实际计算之前，必须有初始猜测，这部分的功能就是产生初始猜测，可以从chk文件读入，也可以程序自动产生。这部分可以用guess关键字来指定。

我这个体系,程序默认是:

Projected INDO Guess(请仔细看手册,不同的体系Guess是不一样的)

Leave Link 401

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Link 502 （主角登场！）自恰迭代求解SCF方程

设定收敛标准：

除了对包含比Ar重的原子的分子全电子（非ECP）计算外，积分只计算到10-6的精度。

SCF计算的能量和电子密度都收敛到10-4，或只有能量收敛到10-5为止，无论哪一个先达到。

给出每一步迭代的信息（？）(这只有在程序输入中加入#p才会显示)

如果成功计算完毕

SCF Done,接下来就是打印计算出来的能量,自旋,维力值和收敛判据了.

Leave Link502(一般计算经常会在这一步挂掉,哈哈)

如果你的单点计算只写了这些,输出结束,如果你加入了population的内容,那么,基于scf计算的结果,布局分析开始

进入Link601

Link 601 利用优化后的波函数，

进行Mulliken population,得到

轨道对称性

电子态

各个轨道的本征值

然后是一些电荷,自旋密度的分析

leav Link601

最后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用\分开

单点计算看明白之后看几何优化的就比较清楚了

优化计算的第一步必须和以后各步骤分开处理，因为有几个操作只需做一次。例如读入最初的Z-矩阵和产生初始分子轨道。

必需有一个对分子几何构型做优化计算的循环，用优化程序（本例中使用Berny优化模块L103）决定是否需要做另一个优化，以及是否获得了最优的分子结构。

如果分子结构收敛，则程序计算能量梯度，确认已得到最优的分子结构后，退出。

只在第一个和最后一个分子结构进行布居数分析并打印轨道，不要在不感兴趣的中间结构进行这些操作。

第一个点的处理分成两部分，计算路径各由一系列的积分、猜测、SCF、以及积分求导的计算组成。第一部分包括模块L101（读入分子初始结构）和模块L103（进行本身的初始化），并有选项指示模块L401产生最初的猜测波函数。第二部分计算在优化过程中使用由模块L103产生的分子结构，并且有选项指示模块L401取回前一结构的波函数，做为下一步的最初猜测波函数。

第八行中指示向前跳行，表示如果模块L103正常结束（没有任何特殊的操作），下一行（模块L9999）则跳过不执行。通常在第二次激活模块L103时，会检查最初的能量梯度，然后选出新的结构。下一个要执行的是模块L202，用来处理Z-矩阵，接着是第二部分其它的能量和梯度计算，它们构成主要的优化计算循环部分。如果模块L103第二次激活时发现几何结构已经收敛，计算将会终止并产生禁止向前跳行的信号，然后执行下一行的模块L9999，完成整个计算。

第10-15行构成主要的优化计算循环。该循环计算积分、波函、以及优化计算中第二个点与后面各点的梯度。它以模块L103结束。如果几何结构还未收敛，模块L103 选择新的结构并正常结束计算，这会造成执行次序由第15行向后跳到第10行，进行新的计算循环。如果模块L103发现几何结构已经收敛，将退出并禁止跳行，执行结束行第16-18行。

结束前使用模块L601在最后的分子结构产生多极积分，将打印出多极矩、分子轨道和布居数分析，如果需要的话。最后模块L9999产生存档项目并结束计算任务。