Lammps_安装步骤详解-for Dai

1  在终端输入：

cd /mnt   （不一定要mnt啦） 

（源码包lammps.tar.gz放在/mnt下 (cp /home/lab/Desktop/lammps.tar.gz  /mnt)）

gunzip lamps.tar.gz

tar -xvf lamps.tar

mv lammps-5Dec10 lmp  (重命名为lmp，重命名也不一定要是lmp啦)

cd lmp/src/STUBS

make clean

make

cd /mnt/lmp/src/MAKE

vi Makefile.serial  后出现

# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, no MPI,no FFT

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------

# compiler/linker settings

# specify flags and libraries needed for your compiler

CC =        g++4   g++4该为g++

CCFLAGS =    -g -O

DEPFLAGS =    -M

LINK =        g++4   g++4改为g++

LINKFLAGS =    -g -O

LIB =           

ARCHIVE =    ar

ARFLAGS =    -rc

SIZE =        size

# ---------------------------------------------------------------------

然后存档，退出，终端输入

cd /mnt/lmp/src

make clean-all

make serial

之后linux开始编译，最后会在/mnt/lmp/src下生成lmp_serial的可执行文件。

mv lmp_serial lmp  

2 计算一example

终端输入：

cd /mnt/lmp/e*/shear

cp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shear

./lmp二lammps的并行安装（自己用户名下zhangchao建立文件夹mnt 和opt, 将下载的三个压缩包文件fftw-2.1.5.tar.gz、lamps.tar.gz、mpich2-1.3.1.tar.gz放在mnt文件夹中；在opt中建立文件夹fftw和mpich）

1 安装fftw

终端输入:

cd /mnt

gunzip fftw-2.1.5.tar.gz  (源码包fftw-2.1.5.tar.gz在 /mnt下) 

tar xvf fftw-2.1.5.tar

cd fftw-2.1.5

（find . -type f | xargs -n 5 touch）此步表示系统时间不对时采取的，一般不要。）

./configure  --prefix=/public/home/zhangchao/opt/fftw

--enable –float红字不要,prefix=指定安装在fftw中，要写出绝对路径，绝对路径获得方法：先cd opt/fftw,然后pwd,就获得绝对路径，经过鼠标copy(不能Ctrl C)就可获得，最后进入cd/mnt/fftw-2.1.5,

输入./configure  --prefix=再右击鼠标paste即可

make

make install   (fftw-2.1.5即安装在/opt/fftw下)

2 安装mpich

终端输入:

cd /mnt

gunzip mpich2-1.3.1.tar.gz

tar xvf mpich2-1.3.1.tar

cd /mpich2-1.3.1

./configure  --prefix=/… …opt/mpich 方法同fftw

make

make install   (mpich即安装在/opt/mpich下)

然后配置环境变量

终端输入:

cd

vi  .bashrc  本人没有.bashrc利用了.bash_profile,因此编辑 vi  .bash_profile,   .bashrc和.bash_profile都是隐藏文件在自己的用户名zhangchao下,需要ls –al，才可以看到。

开始编译为

If [ -f /etc/bashrc ]; then

. /etc/bashrc 

fi

export PATH=/public/home/zhangchao/opt/mpich/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/zhangchao /opt/mpich/lib: /public/home/zhangchao /opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH

（注意export后仅仅一个空格，其余地方都无空格）

3 安装lammps

cd /mnt

gunzip lammps.tar.gz

tar xvf lammps.tar

mv lammps-5Dec10  lmp  改名(也可以 lmp在自己的用户名下，与mnt同级)

cd /lmp/src

make package-status 

make yes-all  （第一次安装直接make yes-all，否则要先make clean-all）

make no-gpu

Make no-kim

make no-user-atc （尽量加上）

(几个特殊的package:meam,poems,reax,gpu,user-atc需要特别安装(如果不需要安装就直接make no-MEAM; make no-POEMS; make no-REAX)，如下)

cd /mnt/lmp/lib/meam

ls

make  –f  Makefile.gfortran   (安装meam,必须有gfortran编译器)

cd /mnt/lmp/lib/poems

ls

make  –f  Makefile.g++

cd /mnt/lmp/lib/reax

ls

make  –f  Makefile.gfortran

(然后对Makefile.serial文件进行编译)

cd /mnt/lmp/src/MAKE

vi Makefile.serial   (按下i可修改)  （下面例子是g++的，都一样最好改serial,改法一样，蓝字是对serial的修改）

# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, MPICH2, FFTW

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------

# compiler/linker settings

# specify flags and libraries needed for your compiler

CC =        g++4   g++4改为mpic++

CCFLAGS =    -g –O   （ 或者是 CCFLAGS =     –O）

DEPFLAGS =    -M

LINK =        g++4    g++4改为mpic++

LINKFLAGS =    -g –O  （或者是LINKFLAGS =   -O）

LIB =           

ARCHIVE =    ar

ARFLAGS =    -rc

SIZE =        size

# ---------------------------------------------------------------------

# LAMMPS-specific settings

# specify settings for LAMMPS features you will use

# LAMMPS ifdef options, see doc/Section_start.html

LMP_INC =    -DLAMMPS_GZIP

# MPI library, can be src/STUBS dummy lib

# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings

# PATH = path for MPI library

# LIB = name of MPI library

MPI_INC =      -I/public/home/zhangchao/opt/mpich/include   -DMPICH_SKIP_MPICXX

MPI_PATH =   -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib

MPI_LIB =     -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib/libmpich.a  

（或者是MPI_LIB =     -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib -lmpich –lpthread）

（或者是MPI_LIB =     -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib）

# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package

# INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings

# PATH = path for FFT library

# LIB = name of FFT library

FFT_INC =       -I/ public/home/zhangchao/opt/fftw/include  -DFFT_FFTW

FFT_PATH =   -L/ public/home/zhangchao/opt/fftw/lib

FFT_LIB =      -L/ public/home/zhangchao/opt/fftw/lib  -lfftw (勿写成libfftw.a)

# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries

# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package

#   (e.g. gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build

# SYSLIB = names of libraries

# SYSPATH = paths of libraries

# gpu_SYSLIB =       -lcudart

# meam_SYSLIB =      -lmeam –lgfortran

# poems_SYSLIB=   -lpoems -lgfortran

# reax_SYSLIB =      -lreax -lgfortran

# user-atc_SYSLIB =  -lblas -llapack

# gpu_SYSPATH =      -L/usr/local/cuda/lib

# meam_SYSPATH =   -L/public/home/zhangchao/mnt/lmp/lib/meam

# poems_SYSPATH=   -L/public/home/zhangchao/mnt/lmp/lib/poems

# reax_SYSPATH =    -L/public/home/zhangchao/mnt/lmp/lib/reax

# user-atc_SYSPATH =     

注意：红字部分当需要安装meam, poems，reax三个包时，将前面的#号去除，但很容易报错，如果计算不需要这几个包时，就可以不需要安装。

# ---------------------------------------------------------------------

# build rules and dependencies

# no need to edit this section

include    Makefile.package

EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)

EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(PKG_SYSPATH)

EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(PKG_SYSLIB)

# Link target

$(EXE):    $(OBJ)

    $(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE)

    $(SIZE) $(EXE)

# Library target

lib:    $(OBJ)

    $(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)

# Compilation rules

%.o:%.cpp

    $(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<

%.d:%.cpp

    $(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@

# Individual dependencies

DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)

include $(DEPENDS)

存档退出(esc  :wq  exit)，终端输入:

# serial = RedHat Linux box, g++4, gfortran, no MPI, no FFTs

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------

# compiler/linker settings

# generally no need to edit this section

# unless additional compiler/linker flags or libraries needed for your machine

CC =        mpic++

CCFLAGS =    -O

DEPFLAGS =    -M

LINK =        mpic++

LINKFLAGS =    -O

LIB =           

ARCHIVE =    ar

ARFLAGS =    -rc

SIZE =        size

# ---------------------------------------------------------------------

# LAMMPS-specific settings

# edit as needed for your machine

# LAMMPS ifdef options, see doc/Section_start.html

LMP_INC =    -DLAMMPS_GZIP

# MPI library, can be src/STUBS dummy lib

# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings

# PATH = path for MPI library

# LIB = name of MPI library

MPI_INC =       -I/public/home/zhangchao/opt/mpich/include -DMPICH_SKIP_MPICXX

MPI_PATH =      -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib

MPI_LIB =       -L/public/home/zhangchao/opt/lib -lmpich -lpthread

# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from kspace package

# INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings

# PATH = path for FFT library

# LIB = name of FFT library

FFT_INC =   -I/public/home/zhangchao/opt/fftw/include  -DFFT_FFTW

FFT_PATH =   -L/public/home/zhangchao/opt/fftw/lib 

FFT_LIB =   -L/public/home/zhangchao/opt/fftw/lib -lfftw

# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries

# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package

#   (e.g. gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build

# SYSLIB = names of libraries

# SYSPATH = paths of libraries

#gpu_SYSLIB =       -lcudart

#meam_SYSLIB =      -lmeam -lgfortran

#poems_SYSLIB=   -lpoems -lgfortran

#reax_SYSLIB =      -lreax -lgfortran

#user-atc_SYSLIB =  -lblas -llapack

 #gpu_SYSPATH =      -L/usr/local/cuda/lib

#meam_SYSPATH =   -L/public/home/zhangchao/lmp/lib/meam

#poems_SYSPATH=   -L/public/home/zhangchao/lmp/lib/poems

#reax_SYSPATH =    -L/public/home/zhangchao/lmp/lib/reax

#user-atc_SYSPATH =

# ---------------------------------------------------------------------

# build rules and dependencies

# no need to edit this section

include    Makefile.package

EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)

EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(PKG_SYSPATH)

EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(PKG_SYSLIB)

# Link target

$(EXE):    $(OBJ)

    $(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE)

    $(SIZE) $(EXE)

# Library target

lib:    $(OBJ)

    $(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)

# Compilation rules

%.o:%.cpp

$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<

%.d:%.cpp

$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@

# Individual dependencies

DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)

include $(DEPENDS)

存档退出(esc  :wq  exit)，终端输入:

cd /mnt/lmp/src

make clean-all  (前面加了就不加)

make serial     (lammps开始安装，最后可生成lmp_serial的可执行文件)

mv lmp_serial lmp

4 并行计算一example

a：终端输入

cd /mnt/lmp/examples/shear

cp /opt/mpich/bin/mpirun /mnt/lmp/e*/shear

cp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shear

mpirun –np 4 ./lmp < in.shear (lammps开始计算)

b：终端输入

cd /mnt/lmp/e*/shear

/opt/mpich/bin/mpirun –np 4 /mnt/lmp/src/lmpLammps源代码大部分由C语言编写，仅仅有reax， poems，meam等由fortran编写。

比如编译reax模块是需要单独编译：

make  –f  Makefile.gfortran

如果系统无gfortran编译器，仅有ifort编译器，可参照下面进行修改，红色标记处为修改处。

vi Makefile.gfortran 

# *

# *_________________________________________________________________________*

# *      Fortran Library for Reactive Force Field                           *

# *      DESCRIPTION: SEE READ-ME                                           *

# *      FILE NAME: Makefile                                                *

# *      CONTRIBUTING AUTHORS: Hansohl Cho(MIT), Aidan Thompson(SNL)        *

# *                            and Greg Wagner(SNL)                         * 

# *      CONTACT: hansohl@mit.edu, athompson@sandia.gov, gjwagne@sandia.gov *

# *_________________________________________________________________________*/

# To compile and link LAMMPS to the reax library generated by this Makefile,

# try appending the following definitions to the standard definitions in

# whatever LAMMPS Makefile your are using.  

# CCFLAGS =      -I../../lib/reax

# LINKFLAGS =    -L../../lib/reax

# USRLIB =       -lreax -lgfortran

SHELL = /bin/sh

# ------ FILES ------

SRC = reax_connect.F reax_inout.F reax_lammps.F reax_poten.F reax_reac.F reax_charges.F

FILES = $(SRC) Makefile

# ------ DEFINITIONS ------

LIB = libreax.a

OBJ =   $(SRC:.F=.o)

# ------ SETTINGS ------

F90 =           gfortran  gfortran改为ifort

F90FLAGS =      -O -fno-second-underscore

ARCHIVE =       ar

"Makefile.gfortran" 57L, 1532C written   

dos2unix rp1200r0 由windows转换为linux

unrar x aa.rar

unrar e aa.rar

x参数 是解压到一个文件夹里 

e参数是把所有文件解压到当前目录下 

注意这个命令比较特殊参数之前不能加-

在daijinxia用户下建立文件夹bin

将lmp_serial 拷贝到bin里

在.bashrc隐藏文件里添加

#for bin

export  PATH=/public/home/daijinxia/bin:$PATH

然后source .bashrc