用Material studio 构建材料表面

Material

Studio是一款功能强大的软件，其功能当然不仅仅限于构造模型。在这里，我们就牛刀小试，用Material Studio来构建我们所感兴趣的吸附表面。最简单的(111)或者(100)面比较容易，但是稍微复杂点的，比如(110)面的构造如果是手工就要稍花 力气。而Material Studio这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任意切面。我们以构造Pt(110)表面为例，主要过程如下：

第一, import 一个晶格体系,在structure目录里可以选择metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我们可以看到Pt是fcc密堆结构。

第二, 选择build->cleave surface . 然后在cleave plane对话框里设定需要解理的晶面指数, 这里我们选择1 1 0。

第三, 选择layer 的厚度, 就在depth里选择 fraction,也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话,可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来recleave.

第四, 同样在build->crystal选项里选择bulid->vacuum slab 设定真空层厚度。在这里，我们设定真空层厚度为10A。

到这里就差不多已经搞定Pt(110)表面的构筑了。构造完的Pt(110)表面如下图所示

最后，我们可以用File$\\rightarrow$Export菜单把它导出成cif或者pdb文件。以pdb文件为例，以下是导出的pdb文件

REMARK   Materials Studio PDB file

REMARK   Created:  Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006

CRYST1    3.924    2.775   25.260  90.00  90.00  90.00 P1

ATOM      1 PT1  MOL     2      -7.848 -11.772   0.000  1.00  0.00          Pt

ATOM      2 PT1  MOL     2      -7.848  -7.848   0.000  1.00  0.00          Pt

ATOM      3 PT1  MOL     2      -3.924  -7.848   0.000  1.00  0.00          Pt

ATOM      4 PT1  MOL     2      -3.924  -3.924   0.000  1.00  0.00          Pt

ATOM      5 PT1  MOL     2       0.000  -3.924   0.000  1.00  0.00          Pt

ATOM      6 PT1  MOL     2       0.000   0.000   0.000  1.00  0.00          Pt

ATOM      7 PT1  MOL     2      -7.848  -9.810   1.962  1.00  0.00          Pt

ATOM      8 PT1  MOL     2      -3.924  -5.886   1.962  1.00  0.00          Pt

ATOM      9 PT1  MOL     2       0.000  -1.962   1.962  1.00  0.00          Pt

ATOM     10 PT1  MOL     2      -9.810 -11.772   1.962  1.00  0.00          Pt

ATOM     11 PT1  MOL     2      -5.886  -7.848   1.962  1.00  0.00          Pt

ATOM     12 PT1  MOL     2      -1.962  -3.924   1.962  1.00  0.00          Pt

TER

可见，文件中从第6列到第8列的坐标即为相应的Pt的直角坐标，而第三行中的内容分别是基矢的长度和相对的夹角。有了这些信息，我们就可以非常容易的将Pt的结构信息用到VASP等其他程序的输入文件中。