怎样写英文论文review(我的笔记)

Once comments are received regarding a manuscript, it is up to the authors to address those comments, or in cases where they disagree with a reviewer’s comment, provide an explanation as to why they have not addressed the comment. In the above case, the author’s addressed the majority of the reviewers’ comments and sent a letter back to the editor on June 10, 2007 detailing the changes made to the article and discussing why some changes were not made: 

July 10,2007

Dear Editors,

Enclosed is our revised manuscript. We have addressed all of the comments returned to us in the reviews of our paper. In addition, at the suggestion of reviewer 1, we have conducted additional experiments with 100% humic acid and have added the results of this experiment to our paper to assure that we have adequately addressed the experimental design comments. A detailed list of all individual changes is included below.

All of the listed authors have read the revisions and agree with their conclusions.

Sincerely,

The Authors

Detailed list of manuscript revisions

Responses to comments raised by Reviewer 1: 

∙As directed, we have revised the title of the manuscript to “Quantifying the Effect of Humic Matter on the Emission of Mercury from Artificial Soil Surfaces.” 

∙The reviewer raises an interesting question regarding the use of Hg-humic controls (without sand), these controls were not examined at the time of our study. However, to satisfy this question we have since conducted additional experiments with a 100% humic sample using 1g humic and HgCl2 sample (no sand). The results from this sample were consistent with those presented for our 5% humic sample, confirming that the effect we saw was due to humics, and not the interaction of humics with the sand. We have added this data to the paper and to Figure 1.

Responses to specific comments raised by Reviewer 2: 

∙We have condensed the presentation of data in the Figures as suggested so that only one pair of graphs is now used (new Figure 1) instead of the three pairs that were used in the previous version of the manuscript (former Figures 1, 2, and 3). We have also edited Figures 2 and 3 (formerly Figures 4 and 5) as recommended.

1.We have better qualified the limitations of the artificial soil system in the discussion. 

2.Regarding the manner in which samples were stored between measurements, we had detailed this in the version of the manuscript submitted for review, our Methods section states “All samples were stored in the dark at constant temperature (~23°C) between measurements and monitored in both dark and light for mercury flux at regular intervals.” We have tried to emphasize this statement in the results section of the rewritten manuscript and we have added a statement that all flux measurements were taken over a 1.5-2 hr sampling period. 

3.The mass balance calculated by the reviewer overestimates Hg loss from the samples as he/she assumes that the samples were exposed to light continuously (see point #2 above). We conservatively estimate that the maximum Hg loss from the sample exhibiting the highest emission rate (sand-Hg only) was 30% of the mercury added. Humic-containing samples showed much lower Hg losses. 

4.As the reviewer states, the samples were not under light continuously and this has been clarified as per the two points above.

Responses to specific comments raised by the Editor: 

∙While turnover rate is a significant issue, our work represents the relative comparison of samples that were all measured at a constant turnover rate, thus the effect of chamber turnover rate on our conclusions is negated. A discussion of this has been added to the manuscript. In an effort to guide future research, we have added mention of more recent personal communication regarding chamber turnover rate, to our knowledge new data regarding turnover rate is not published. A suggestion was made to report the difference between chamber inlet and outlet Hg concentrations rather than fluxes. As described above, the mass balance of Hg in the samples is not problematic. Further, because all Co-Ci differences are multiplied by a constant turnover rate in the flux equation, this would simply have the effect of changing the magnitude of the numbers (and graph axes) reported, not the relative difference between numbers - which is the basis of all conclusions of the work. Also, because the majority of researchers report results as fluxes, we feel that reporting our results as concentration differences would make this work inaccessible to mercury researchers. Our methodology and flux measurements are all based on peer-reviewed, published literature (Lindberg et al., 2002) and follow standard protocols. We believe discussing the limitations of the method is therefore sufficient in this context.

Mauclair and colleagues made the majority of the changes requested by the reviewers to their manuscript, they: revised the title, added additional explanation to the text, and even conducted additional experiments to satisfy a question raised by Reviewer 1. In the reviews, Reviewer 2 calculated a mass balance of mercury in the experiments and concluded that the samples lost more mercury than was added to the system; the editor then followed this comment with a suggestion as to why this might have occurred and suggested reporting the data in a different manner. The authors address this comment by correcting an erroneous assumption of the reviewer, and explain why they have chosen not to report the data in a different manner as suggested by the editor. Thus, while they did not follow the suggestion made in the review, they provide a detailed explanation as to why. Once a revised manuscript is resubmitted, the editor reads the authors’ response, and if satisfied that the authors adequately addressed all of the issues raised, moves the manuscript forward in the journal’s publishing cycle. In some cases, where major revisions are required, the editor may redistribute the manuscript to the peer reviewers a second time before accepting it as complete. The Mauclair manuscript was accepted for publication in August 2007, it was first published on the journal’s website in January 2008, and finally published in the March 2008 issue of the printed version of the journal (Mauclair et al., 2008).

It is worth noting the lengthy timescale involved in publishing scientific articles. From the initial submission to the final printing, the described article took 14 months, which does not even include the time spent doing the initial work that led to the publication. The sluggishness of the peer review process is often criticized, but it reflects the understanding that published work enters the scientific literature permanently, as work that can be built upon by other scientists, and thus should be carefully considered.

Additionally, journals and funding agencies vary in their selectivity and research focus. Consequently, scientists choose where to submit their manuscript based on the perceived impact of the research, the likelihood of acceptance, and the size of the audience they wish to reach. In turn, reviewers consider the appropriateness of the research to the journal’s audience. For example, while the journal Applied Geochemistry focuses on research articles that discuss chemical transformations and process that take place in the environment, the journal Cell publishes articles focused on biological process related to cell function. The article by Mauclair and colleagues was published in Applied Geochemistry; however, it would likely have been rejected by Cell. 

As part of the scientific process, reviewers are expected to keep the information in a manuscript confidential until it is published, but it is rare that the work comes as a complete surprise to the entire scientific community. This is because peer review is integrated into almost every step of science, including requests for public funding for research. Funding decisions are made by a committee of peer review scientists who debate each proposal’s likelihood of success, the validity of its approach, and the importance of the question being asked. The research methods and ideas published by Mauclair and colleagues in 2008 were reviewed as part of a grant submitted to the Research Foundation of the City University of New York, which was funded in 2005 (Carpi & Frei, 2005). Once funded, the research begins, and preliminary data may be presented at scientific meetings. This allows the findings to be described and debated with colleagues prior to publication. Data that were eventually used in the manuscript were presented to the scientific community in August 2006 at a large international conference on the pollutant mercury (Mauclair et al., 2006), and thus the final publication was anticipated by some scientists in the field.

Peer-reviewed publications and funded research proposals carry significance for the individual scientist beyond simply doing science. In many cases, hiring, promotion, and award decisions are made on the basis of the number and quality of peer-reviewed publications or grants authored by an individual. Scientists also benefit in many ways from serving as peer reviewers - being asked to review a manuscript or proposal is an acknowledgement of one’s expertise in an area. All scientists both receive reviews from their peers and review the work of others, and this process comes with a cost. A recent report by the Research Information Network estimated the cost of volunteered time provided by scientists for peer review at $3.7 billion (Research Information Network, 2008). So why do scientists volunteer so much time to this process? Because it is one of the obligations of their profession and one factor that helps build the community of science (see our Scientists module).

One of several mechanisms of validating science

Peer review is just one of several mechanisms embedded within the process of science that help validate the work of scientists. While it helps to validate journal and grant submissions, it is not a fool-proof filter that assures quality in scientific publishing, especially when the authors of a study are engaged in fraud or deception (see our Scientific Ethics module). For example, between 2000 and 2003, Jan Hendrick Schon and colleagues published over 25 papers on superconductivity, all of which passed through the peer review process. After several of the papers were published, Professor Lydia Sohn and Professor Paul McEuen noticed that different experiments carried out under very different conditions and published in different papers displayed the same background error (Figure 4). When confronted with the problem, Schon first claimed that a graph had been mistakenly reproduced in several papers. Shortly thereafter, Bell Labs, the research institute where Schon worked (see our Scientific Institutions and Societies module), conducted an investigation; they found numerous instances of misconduct and fraud and consequently fired Schon. At least sixteen of Schon’s papers have since been declared to be false, and the journal Science has withdrawn eight of his papers (Bao et al., 2002).

The truth is that retractions are rare, and retractions due to scientific misconduct are even rarer. In an analysis of the scientific literature cataloged in the MEDLINE database maintained by the National Library of Medicine, Sara Nath and colleagues identified 395 articles that were retracted in the two decades from 1982 to 2002 out of over 8.5 million citations listed in the MEDLINE database for that same period (Nath et al., 2006). Of those articles retracted, only 27% were found to be cases of scientific misconduct, 62% were identified as unintentional errors, and 11% of retractions could not be categorized. Nash and colleagues also found that an addition 2,772 errata were published during this same period, which are simple corrections of small mistakes in published manuscripts.

Consequences of peer review

One of the consequences of the peer review system is that it can influence the dissemination and progress of scientific research. It is the peer reviewers that make recommendations as to what research is published in what journals. And it is the peer reviewers that influence the types of research studies that receive funding. This is generally a positive effect as it opens the process to the scientific community at large. But bias among reviewers can negatively impact this process. For example, some researchers have suggested that peer reviewers can be biased in favor of research that reports positive effects (i.e. that drug x has an effect) over research reports that report a no effect (i.e. drug y has no significant effect) (Callaham et al., 1998). Thus, published studies showing positive effects far outnumber ones showing none. Another complication that affects the peer review process is that in a closed review system, where reviewers are kept anonymous from the authors, it is possible for reviewers to pass unnecessarily harsh judgment – or unworthy praise – on a manuscript or application for funding, simply because they have personal differences or friendships with authors.

The widespread use of electronic publishing has prompted a recent re-evaluation of the peer review process as a whole. While scientists still largely agree on the value of peer review, they are sometimes discouraged by the length of time involved from submission of a manuscript, through review, revision, and resubmission, which may take a year or more – as in the case of the article described here. As a result, some authors have suggested that the time-consuming and closed pre-publication peer review process be abandoned entirely in favor of open access, online publishing that allows for constant reviews and updates. A number of scientific publishing media are adapting to the changing nature of publishing. For example, the Public Library of Science (PLoS) project publishes a number of journals in the PLoS family that make their formal peer reviews available to the public and then they further provide a mechanism for additional public comment and review of published articles on their website. Even the journal Nature, which has been published for over 130 years, has recently experimented with open access peer review for submitted manuscripts. 

Publications without Peer Review

There are publications in the sciences that are not peer-reviewed. For example, many journals, including Science and Nature, publish news and commentary sections in which they provide weekly updates on major scientific events or issues. A number of journals also publish “letters.” Letters to journals include commentary on previously printed articles, but they may also report new, preliminary and intriguing scientific results that have not yet been tested and replicated enough to pass full peer review.

Scientists also write material specifically for non-peer reviewed publication. For example, the evolutionary biologist Steven J. Gould was a prodigious writer and became well known for his books and magazine articles on topics ranging from evolution to baseball. The theoretical physicist Stephen Hawking is well known for his books aimed at explaining cosmology, which include such popular titles like A Brief History of Time and The Universe in a Nutshell. And the astronomer Carl Sagan not only wrote numerous popular magazine articles, but also authored the best-selling book Contact, which was turned into a blockbuster film. The articles and books that scientists write for sources other than peer-reviewed journals have an important, but very different, purpose than the peer-reviewed literature. These pieces are often directed at explaining science in more common language to non-scientists and thus serve a crucial role in describing the impact of science to the general public (see our The Benefits and Outcomes of Science module). As such, they are generally, but not always, based on the peer-reviewed literature that forms the basis of our scientific knowledge.