本次百强榜评选时间跨度为2008年，统计指标口径为企业年度销售收入，参与评选的对象为在中国境内注册的制药企业，以医药工业制造业为主营业务，即企业在工商登记中以药品制造业务放在企业主营业务最前面的；对于含有医药商业或其他非医药类成份的企业，剔除后再进行统计。
本次评选对象以企业集团为统计单位进行计算。排名时以集团公司或上市公司优先统计，如果集团公司含上市公司部份的，则以集团公司优先统计；集团公司统计的范围为集团公司的全资所属公司和控股公司，参股公司不在集团公司统计范围内，参加评选对象不含医疗器械制造、卫生材料、制药机械和兽用药品制造企业。
| 位次 | 企业名称 |
| 1 | 哈药集团有限公司 |
| 2 | 石药集团有限公司(含下属中润制药、中诺药业、欧意药业、维生药业等子公司） |
| 3 | 上海医药（集团）有限公司 |
| 4 | 天津医药集团有限公司 |
| 5 | 扬子江药业集团有限公司 |
| 6 | 吉林修正药业集团股份有限公司 |
| 7 | 广州医药集团有限公司 |
| 8 | 华北制药集团有限责任公司 |
| 9 | 天津金耀集团有限公司（天津药业集团有限公司） |
| 10 | 拜耳先灵医药有限公司 |
| 11 | 中国同仁堂（集团）有限责任公司 |
| 12 | 西安杨森制药有限公司 |
| 13 | 步长制药集团 |
| 14 | 北京医药集团有限责任公司 |
| 15 | 东北制药集团有限责任公司 |
| 16 | 浙江医药股份有限公司 |
| 17 | 杭州华东医药集团有限公司 |
| 18 | 太极集团有限公司 |
| 19 | 齐鲁制药有限公司 |
| 20 | 上海罗氏制药有限公司 |
| 21 | 北京诺华制药有限公司 |
| 22 | 江西济民可信集团有限公司 |
| 23 | 浙江新和成股份有限公司 |
| 24 | 浙江海正药业股份有限公司 |
| 25 | 中国生物技术集团公司 |
| 26 | 汇仁（集团）有限公司 |
| 27 | 诺和诺德（中国）制药有限公司 |
| 28 | 上海实业医药投资股份有限公司（医药制造业部份） |
| 29 | 四川科伦药业股份有限公司 |
| 30 | 辉瑞制药有限公司（中国·大连） |
| 31 | 珠海联邦制药股份有限公司 |
| 32 | 三九医药股份有限公司 |
| 33 | 江苏恒瑞医药股份有限公司 |
| 34 | 鲁南制药集团股份有限公司 |
| 35 | 山东新华医药集团有限责任公司 |
| 36 | 阿斯利康制药有限公司 |
| 37 | 杭州赛诺菲安万特民生制药有限公司 |
| 38 | 丽珠医药集团股份有限公司 |
| 39 | 上海复星医药（集团）股份有限公司（医药制造业部份） |
| 40 | 先声药业有限公司 |
| 41 | 瑞阳制药有限公司 |
| 42 | 中美上海施贵宝制药有限公司 |
| 43 | 利君制药(含石家庄四药有限公司) |
| 44 | 云南白药集团股份有限公司 |
| 45 | 江苏康缘集团有限责任公司 |
| 46 | 辅仁药业集团有限公司 |
| 47 | 金陵药业股份有限公司 |
| 48 | 山东鲁抗医药集团有限公司 |
| 49 | 河南省宛西制药股份有限公司 |
| 50 | 广东康美药业股份有限公司 |
| 51 | 寿光富康制药有限公司 |
| 52 | 天津天士力集团有限公司 |
| 53 | 菏泽睿鹰制药集团有限公司 |
| 54 | 康恩贝集团有限公司 |
| 55 | 黑龙江省珍宝岛制药有限公司 |
| 56 | 河北以岭医药集团 |
| 57 | 帝斯曼维生素（上海）有限公司 |
| 58 | 福建省福抗药业股份有限公司 |
| 59 | 成都地奥制药集团有限公司 |
| 60 | 武汉马应龙药业集团股份有限公司 |
| 61 | 江中药业股份有限公司 |
| 62 | 中美天津史克制药有限公司 |
| 63 | 山东罗欣药业股份有限公司 |
| 中国（杭州）青春宝集团有限公司 | |
| 65 | 中国回音必集团有限公司 |
| 66 | 神威药业有限公司 |
| 67 | 江苏豪森药业股份有限公司 |
| 68 | 山东东阿阿胶股份有限公司 |
| 69 | 蜀中药业集团 |
| 70 | 普洛康裕股份有限公司 |
| 71 | 华瑞制药有限公司 |
| 72 | 江苏正大天晴药业股份有限公司 |
| 73 | 诺维信（中国）生物技术有限公司 |
| 74 | 江苏济川制药有限公司 |
| 75 | 江苏江山制药有限公司 |
| 76 | 贵州益佰制药股份有限公司 |
| 77 | 桂林三金（集团）股份有限公司 |
| 78 | 山西威奇达药业有限公司 |
| 79 | 辽宁诺康生物制药有限责任公司 |
| 80 | 河北恒利集团制药股份有限公司 |
| 81 | 河南天方药业股份有限公司 |
| 82 | 苏州惠氏制药有限公司 |
| 83 | 深圳市东阳光实业发展有限公司（医药制造业部份） |
| 84 | 山东绿叶制药股份有限公司 |
| 85 | 江苏苏中药业集团股份有限公司 |
| 86 | 江苏恩华药业股份有限公司 |
| 87 | 苏州东瑞制药有限公司 |
| 88 | 深圳致君制药有限公司 |
| 浙江九洲药业股份有限公司 | |
| 90 | 北京费森尤斯卡比医药有限公司 |
| 91 | 江苏联环药业集团有限公司 |
| 92 | 吉林敖东药业集团股份有限公司 |
| 93 | 吉林万通药业集团有限公司 |
| 94 | 安徽丰原集团有限公司（医药制造业部份） |
| 95 | 昆明制药集团股份有限公司 |
| 96 | 九芝堂股份有限公司 |
| 97 | 杭州民生药业集团有限公司 |
| 98 | 浙江华海药业股份有限公司 |
| 99 | 江苏亚邦药业集团股份有限公司 |
| 100 | 山东鲁抗辰欣药业有限公司 |
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