种蛋在入孵前除了要认真挑选，去除破损、软壳和畸形蛋外，还必须进行严格的消毒。以下是几种推荐的消毒方法：
1. 浸泡法：
- 高锰酸钾浸泡法：先用温水（20～25℃）将蛋壳洗净，接着在45℃的0.1%高锰酸钾溶液中浸泡3～5分钟，之后取出用消毒纱布擦干。
- 漂白粉浸泡法：将洗净的种蛋浸泡在1%漂白粉溶液（1千克漂白粉配制100千克水）中5分钟，捞出后擦干。
2. 喷雾法：
种蛋洗净后，使用0.1%的新洁尔灭溶液进行喷洒消毒。
3. 紫外线照射法：
将洗净的种蛋整齐放置，用紫外灯（紫外灯与蛋的距离不超过50cm）直接照射1分钟，之后翻面再照射1分钟。操作时需保护眼睛，避免直接看紫外灯。
4. 综合法：
先将洗净的种蛋在20℃的0.1%新洁尔灭溶液中浸泡5～10分钟，再放入密闭容器中用甲醛熏蒸30分钟（每立方米容器加入甲醛30毫升，高锰酸钾15克，水15毫升）。
种蛋入孵后，预温至37.8℃时取出，放入0.2%红霉素中浸泡5～10分钟，擦干后继续孵化。
孵化前，孵化箱（室）也需彻底消毒。先用0.1%新洁尔灭液或0.2%～0.5%过氧乙酸溶液清洗干净，然后在封闭条件下用甲醛熏蒸5～10小时（每立方米体积加入甲醛30毫升，高锰酸钾15克，水15毫升）。
