跨境电商物流是其面临的一大挑战，通常无法采用传统集装箱海运，因为跨境物流的发展相对滞后，导致物流成本较高且时效性难以保证。尽管互联网信息传播迅速，但跨境货物的流通却受制于诸多限制，通关手续复杂是跨境电商普遍遇到的问题。
支付安全和结汇的难题也困扰着跨境电商行业，很多卖家因为支付安全问题而选择不采用跨境支付方式，导致资金流转不畅。此外，结汇过程中的复杂性和不确定性也给卖家带来了额外的成本和风险。
税收制度的不完善进一步加剧了跨境电商的难题，由于跨境电子商务主要通过快件形式进行，无法提供报关单，卖家难以缴税，更无法享受到出口退税的政策红利。这不仅影响了卖家的利润空间，也增加了运营的复杂性。
跨境电商行业还面临人才短缺的问题，复合型人才的稀缺使得企业在运营、管理等方面遇到困难。缺乏专业的跨境电子商务人才，限制了行业的快速发展。
