在深圳市办理港澳通行证签注时，您可以通过出入境业务自助机完成一系列简便快捷的操作。首先，您需要点击“出入境业务”按钮，进入签注申请界面。接着，点击“续签”按钮，按照屏幕上的提示，将电子通行证二维码朝上朝前插入机器。系统会自动读取通行证信息，并显示在屏幕上。如果通行证背面已有签注信息，系统将直接显示；若无信息，则提示您选择前往地点及签注有效次数。
香港签注分为一年一次、一年两次和一年多次三种，持一年多次赴香港个人游签注限一周一行；登记备案的国家工作人员和军人不能申请一年多次签注。澳门签注则为一年一次，每次在香港或澳门逗留不超过7天。台湾签注则为六个月一次。
确认信息无误后，系统会显示缴费信息，并允许您选择银联卡或闪付卡进行支付。如果您选择银联卡支付，请插入银行银联卡，并输入支付密码；若您选择闪付卡支付，请使用具备闪付功能的银联卡，直接将银联卡靠近银联云闪付模块进行支付，或使用带NFC功能的手机调出闪付界面，验证密码或指纹后支付。支付成功后，系统将打印缴费凭证。
对于符合“立等可取”的通行证，系统会自动制作并打印最新的签注信息，同时擦写芯片信息。制卡成功后，您可取回电子通行证并核对所打印的签注信息是否与申请信息一致。对于不符合“立等可取”的通行证，则需要等待审批通过后，再到“一体机”设备进行制卡。
