D5509次列车途经站点依次为：南通站、如皋南站、海安站、姜堰站、泰州站、扬州站、南京站。
D5509次列车是从南通站出发，最终到达南京站的一趟动车。这趟列车在途经多个城市和站点时，为乘客提供了便捷的交通方式。从南通出发后，列车首先会抵达如皋南站，这是位于南通北部的一个重要交通节点。接下来，列车会继续向北行驶，经过海安站，这里是连接南通与泰州的关键枢纽。
离开海安后，D5509次列车会抵达姜堰站，这个站点虽然规模不大，但对于当地居民来说，却是出行的重要门户。紧接着，列车会驶入泰州站，泰州作为江苏省的一个重要城市，其交通地位不言而喻。在泰州稍作停留后，列车将继续前往扬州站，扬州不仅是一座历史文化名城，也是苏中地区的重要交通中心。
最后，D5509次列车将抵达终点站南京站。南京作为江苏省的省会城市，拥有极为发达的交通网络，这趟列车的到达，无疑为南通与南京之间的交流和合作提供了更为便利的条件。总的来说，D5509次列车途经的每一个站点，都是其线路上的重要一环，共同构成了这条连接南通与南京的便捷通道。
