上海港澳通行证补发涉及多种情形。当证件有效期满前6个月、有效期短于即将签发的签注有效期、签注页用完或即将用完、证件损坏或质量不合格时，均需办理补发手续。
申请时需提交《中国公民出入境证件申请表》，并附上申请人有效《居民身份证》复印件。如证件已到期，需提交《往来港澳通行证》原件；若丢失，则无需提供。特定身份人员还需提交《关于同意申办出入境证件的函》，包括在职或退(离)休的市管干部、各级机关的处级领导干部等。
不满16周岁或60周岁以上的申请人可委托代办，但代办人需提交身份证及申请人48mm*33mm白底光面正面免冠彩色照片三张。照片必须符合出入境证件制作标准，校验不合格时，申请人需本人前往出入境办证点采集照片。
办理时限方面，上海户籍居民7个工作日内可办结，外省市居民网上预约10个工作日，不预约则需20个工作日。费用方面，往来港澳通行证的费用为60元/证。签注费用根据有效期不同有所区别，具体为：一次有效签注15元/件，二次有效签注30元/件，短期多次有效签注80元/件，一年以上两年以下多次有效签注120元/件，两年以上三年以下多次有效签注160元/件，三年以上多次有效签注240元/件。
