上海合资公司的变更登记费用为100元，而备案登记则不收取费用。对于其他环节的费用，需要根据实际情况来确定。
关于收费依据，详情可以参考以下链接：http://scjgj.sh.gov.cn/shaic/html/govpub/2012-12-20-0000009a201212130020.html。
在进行变更登记时，申请人需要提交以下材料：
1. 《外商投资企业变更登记申请书》（原件）
2. 审批（备案）机关的批准（备案）文件（原件）
3. 依法做出的决议或决定（原件）
4. 公司章程修正案或修改后的公司章程（原件）
5. 登刊减资公告的报纸报样及债务清偿报告或债务担保证明（原件）（仅适用于减资）
6. 营业执照正副本（原件）
7. 其他有关文件（例如，股份有限公司以公开发行新股方式或者上市公司以非公开发行新股方式增加注册资本的，还应当提交国务院证券监督管理机构的核准文件）
根据相关法律规定，决议或决定的内容应当与所申请的事项一致。同时，公司章程修正案或修改后的公司章程需由公司法定代表人或公司投资方签署。
投资者在准备了上述材料后，可以将纸质材料递交至登记机关办事窗口办理变更手续。若材料齐全且符合法定形式，办结后，可在指定窗口领取营业执照。
