食品经营许可证的申请应在当地的食品药品监督管理部门进行。在申请食品经营许可之前，需要确保已经取得了营业执照等合法的主体资格。无论是企业法人、合伙企业、个人独资企业还是个体工商户，应以营业执照上登记的主体作为申请人。食品经营许可证的办理流程大致如下：
1. 提交资料：申请人需向当地食品药品监督管理局提交相关资料，包括但不限于营业执照复印件、健康证复印件、租赁合同、食品经营许可证申请书、负责人身份证复印件以及环境影响评估报告。
2. 现场核查：食品药品监督管理局在收到申请资料后的7个工作日内，将对申请人的经营场地进行现场核查。核查内容包括是否有必要的设施（如灭火器、消毒柜等），生产设施（如冰柜、餐具、柜台等），三防设施（防蝇、防鼠、防尘），以及供应链票证（供货商资质、随货通行单）等。
3. 领取许可证：如果前两步审核通过，食品药品监督管理局将通知申请人领取食品经营许可证。如果第二步中有不符合要求的地方，工作人员会告知申请人需要改进的地方，待整改合格后，将通知申请人领取许可证。
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法律依据：
《中华人民共和国食品安全法》第三十五条 - 国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，应当依法取得许可。但是，销售食用农产品和仅销售预包装食品的，不需要取得许可。仅销售预包装食品的，应当报所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门备案。县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门应当依照《中华人民共和国行政许可法》的规定，审核申请人提交的本法第三十三条第一款第一项至第四项规定要求的相关资料，必要时对申请人的生产经营场所进行现场核查；对符合规定条件的，准予许可；对不符合规定条件的，不予许可并书面说明理由。
