药品经营许可证的申请流程包括以下步骤：
1. 首先，申请人需向拟办企业所在地的省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门提出筹建申请，并提交相关材料，如法定代表人、负责人、质量负责人的学历证明、执业药师资格证书、拟经营药品范围以及拟设营业场所等信息。
2. 食品药品监督管理部门对申请进行审核，并根据不同情况作出处理：不属于职权范围的即时不予受理，材料存在问题的允许更正，材料不齐全或不符合形式的给予补正通知，符合要求的则发出受理通知书。
3. 食品药品监督管理部门自受理之日起30个工作日内对材料进行审查，决定是否同意筹建，并书面通知申请人。不同意筹建的需说明理由，并告知申请人的权利。
4. 申请人完成筹建后，向食品药品监督管理部门提出验收申请，提交相关材料，如药品经营许可证申请表、营业执照、营业场所布置图等。
5. 食品药品监督管理部门在收到验收申请之日起30个工作日内组织验收，决定是否发放药品经营许可证。符合条件的发放许可证，不符合条件的通知并说明理由。
对于药品零售企业的申请流程，步骤基本相似，包括向相关部门提出筹建申请，提交相关材料，经过审核和验收，最终发放药品经营许可证。具体细节可能根据地方和类型有所不同。
