在Kindle 3上直接进行分类存放较为繁琐，且仅支持建立英文文件夹。可以使用第三方软件在电脑端进行中文分类管理，如Kindle Collection Manager、乱汪世KindleCollections和KindleLabra。这些软件的基本操作不难，但各有其局限性。
Kindle Collection Manager是一款轻量级的软件，文件大小为649KB，目前版本为0.4.1，仅支持Windows系统。使用前可能需要下载Microsoft .NET Framework 4.1。连接Kindle和电脑后，可以通过拖拽操作进行分类管理，但每次新增书籍后需要重新分类并重启Kindle。尽管如此，它仍比在Kindle本机上操作要方便，并支持中文分类。
KindleCollections是一款无需安装的软件，文件大小为380KB，目前版本为2.8.883。它的界面为中文，USB连接Kindle和电脑后可以直接使用。通过拖拽操作，可以实现Kindle上显示的分类。
KindleLabra适用于Windows和Linux平台，允许多选操作，并支持自动备份。但在使用前，需要运行install.bat来安装Python和GTK。尽管一些用户认为它比Kindle Collection Manager更好用，但安装过程较为繁琐。
Collection Generator是一款网友开发的软件，可以自动分类。用户在Documents中建立分类文件夹后，运行CollectionGenerator程序并重启Kindle，即可自动生成分类。这种方式相对更方便。
需要注意的是，使用这些软件后，通常需要重启Kindle才能显示新的分类。Kindle的重新启动方法是：电脑弹出设备后，在Home页面下依次选择“Menu”、“Settings”、“Menu”、“Restart”。
在测试中，这些软件都出现过整理不完全的情况，建议在书籍较多时选择一种工具进行整理，其余的不完全分类可在本机手动分类。
在多看系统下，所拷贝的书籍可以直接放在DK_Documents目录下，也可以建立相应的文件夹。在多看系统的“分类”中，所有一级文件夹都会依次显示。
最后，Kindle Collection Manager软件更新至0.5.0版，新增了多项功能，如支持多选拖放、有声读物文件支持等。但部分文件名可能显示乱码，具体情况不明。
