从开始到愚智自异耳这一大段内容，永嘉大师运用其智慧之笔，深入剖析了真与妄的本质和起源。他阐述，真指的是本体，妄则是现象；凡夫只见现象而不见本体，如同盲人不见实物。永嘉大师详细阐释，使我们对真妄的认识开始重塑，若放下固有的错误知见，便能随大师指引，将现象与本体融为一体。实际上，现象与本体本是一体，说一体却分为两处，但这却是凡夫悟道的第一步，是初尝佛法滋味的契机。
在“夫妙悟通衢，则山河非壅，迷名滞相，则丝毫成隔”之后，大师进一步指出，万法的根源，实相的本真，尘沙般的迷惑和六道轮回，皆源于真宗。尽管万法看似千差万别，但它们的根源都是实相。凡夫的迷惑和分别，实际上从未离开过真心。因此，真妄并无差异，愚痴与智慧之别，才导致了虚妄的分别。
由于凡夫不解事物的无形之畔和穷虚之域，只见事相而不见理体，这就陷入了迷惑颠倒。例如，初修行者可能认为只有打坐、诵经才是修行，而日常行事则是生死轮回，将事与理分割开，因而无法见道。若不在通达的理上修行，只在事相上纠缠，则永远困于生死之中。
未悟道者只见事相，不见理，因此执着于事相上的修行，而不理解理上的修行。他们不知道事相中包含了理体，理体也不离事相。有无之间的差异未被理解，导致执着于有或空，而非中道。只有理事不二地修行，才有机会领悟中道实相。
永嘉大师进一步阐述理体与事相的关系，指出可以通过纷纭差别的色相看到万法的本来面目。万物看似有形，追究到底却是非相；声音看似具体，追究到底却是无声。这是理事不二、妙智与了知不二的体现。
大师用比喻说明设立空、有是为了破除常见和断见，而非真有空有。中道不偏，非有非空，只是为了指示中道。中道本身也不是实有，何况空有？
理解了这个道理，通达万法的源头，超出了凡夫的认知范围。真妄同源，不一不异，愚智之别，只是真妄说法的表面原因。
